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從香港飛往函館最快捷的航班是由全日空提供的轉機航班。你會從香港國際機場出發並先到達東京羽田機場（HND），再轉乘往函館機場的航班，需時約6小時35分鐘。第二快的航班是乘搭長榮航空到台北桃園機場（TPE）轉機的航班，需時約7小時10分鐘。

函館機場國內航班客運大樓的二樓有各式各樣的特色商店供你購買手信，而三樓亦有數間餐廳提供美食。除此之外，三樓亦設有可觀望跑道的觀景台，以及遊戲機作消遣娛樂之用。相比起國內航班客運大樓的熱鬧，國際航班客運大樓只有在辦理出境手續後的等候大堂有一間免稅商店。所以想「血拼」的你到國內航班客運大樓的商店會是更好的選擇。

香港到函館的航線最常使用的機型是Airbus A330-300。

唯一有提供從香港飛往函館的航班的航空聯盟是星空聯盟。

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